Les conquistadores espagnols ont vaincu les Indiens en 1524 et il a par la suite prospéré comme port colonial. La vieille ville a été reconstruite à l'intérieur des terres pour faire place à de nouvelles installations portuaires.
Acajutla est le principal port d'El Salvador et gère une grande partie de ses exportations de café et de ses expéditions de sucre et de baume (une résine utilisée dans les parfums et les cosmétiques). Il existe également une raffinerie de pétrole et une usine d’engrais dans la ville. Les industries de traitement du poisson et des coquillages et les installations de villégiature estivale sont également importantes
